L’aereo dirottato proveniva da Sebha, nel sudovest della Libia, ed era atteso, come ogni venerdì, all’aeroporto di Tripoli per le ore 11:20. L’atterraggio a Malta è avvenuto alle ore 11:30 circa e le notizie su quanto accadeva a bordo, in un primo momento, erano molto confuse. Alcune fonti avevano dichiarato che i due dirottatori erano in possesso di bombe a mano; altre invece, citando il pilota in contatto con la torre di controllo di Tripoli, sostenevano che uno dei due indossasse una cintura esplosiva. Una sola richiesta per liberare i 118 ostaggi: scarcerare uno dei figli di Muammar Gheddafi, Saif al-Islam Gheddafi. L’uomo, considerato il delfino del defunto colonello libico, era stato catturato dai miliziani di Zintan, nella Libia nordoccidentale, a novembre 2001, processato e condannato a morte per l’uccisione di manifestanti durante le proteste contro il padre.
Dal momento in cui è giunta la notizia del dirottamento verso Malta, lo spazio aereo sopra l’aeroporto è stato subito chiuso e tutti i voli dirottati su Catania e Palrmo. Una volta atterrato, alle ore 11:30 circa, il mezzo è stato subito circondato da militari e da forze speciali maltesi. Dopo due di trattative, in cui è stato negato il rilascio di Gheddafi, i dirottatori hanno liberato tutti gli ostaggi eccetto il pilota ed il suo secondo. In cambio del loro rilascio, i due pirati hanno chiesto asilo politico ma poco dopo si sono totalmente arresi e li hanno lasciati andare.